Kościół należał do zespołu nieruchomości Szpitala Uniwersyteckiego, który został przejęty na własność przez miasto Kraków.  Po przeprowadzeniu transakcji miasto planowało wprowadzenie zmian w planie zagospodarowania, która oznaczałaby eliminację jasnego zapisu o przeznaczeniu budynku na cele kultu religijnego. Po zmianie przeznaczenie kościoła byłoby określone jako działalność usługowa, a sama zabytkowa świątynia miałaby stać się miejscem koncertów i innych wydarzeń kulturalnych.

Działania miasta zmierzające do możliwości desakralizacji świątyni wsparli lokalni aktywiści z Kolektywu Wesoła, który powstał, jak sami uważają, „by Wesoła była miejscem zielonym, wykorzystującym rozwiązania sprzyjające środowisku oraz stała się centrum życia kulturalnego i społecznego”. Wierni, którzy sprzeciwiają się zmianie przeznaczenia budynku kościoła, podjęli działania w celu uniemożliwienia przekształcenia czynnego kościoła w salę koncertową i pozbawienia około tysięcznej grupy wiernych miejsca modlitwy.

W działania już na etapie konsultacji nowego MPZP włączył się Instytut Ordo Iuris, zgłaszając 6 stron uwag do planu i wykazując sprzeczność z prawem wprowadzenia planowanych zmian. Różne podmioty (osoby fizyczne, osoby prawne, politycy) zgłosili około 1300 uwag, które zostały uwzględnione przez miasto. Tym samym, wspólne działania szerokiej grupy osób odniosły sukces.

Instytut kontynuuje działania, których celem jest ochrona sakralnego charakteru budynku. Obecnie trwa kwerenda archiwalnych dokumentów, która doprowadzi do odtworzenia historii właścicielskiej kościoła. Odnaleziono szereg nieznanych dotąd i nieskatalogowanych dokumentów dotyczących własności budynku. Dzięki podejmowanym aktywnościom być może możliwe będzie nieodpłatne przywrócenie własności zabytkowego budynku kościelnej osobie prawnej.

Ponadto, 24 marca, na Uniwersytecie Papieskim Jana Pawła II w Krakowie, odbędzie się szkolenie w ramach Akademii Ordo Iuris pt. „Relacje samorządów z kościołami i innymi związkami wyznaniowymi”, podczas którego poruszone zostaną także zagadnienia związane z historią kościoła i aktualnymi planami miasta względem niego. Na szkolenie zapisywać można się tutaj.

„Cieszymy się, że uwagi zgłoszone przez Instytut Ordo Iuris przyczyniły się do zablokowania wprowadzenia zmian sprzecznych z prawem. Jednak ze względu na skomplikowaną historię właścicielską, to nie koniec prac zmierzających do przywrócenia własności budynku kościelnym osobom prawnym. Kontynuujemy działania, które zagwarantują w przyszłości, że budynek kościoła będzie wykorzystywany wyłącznie do celów kultu religijnego” – skomentował Łukasz Bernaciński, Zastępca Dyrektora Centrum Analiz Legislacyjnych Instytutu Ordo Iuris.