Swoją pracę zawodową zaczęła w 1949 r. jako referent zaopatrzenia materiałowego w Przedsiębiorstwie Zaopatrzenia Farmaceutycznego Cefarm. Pracowała następnie jako ekonomistka w Gdańskich Zakładach Drobiarskich, sekretarka w Sopockich Zakładach Przemysłu Terenowego w Sopocie, kierownik sekretariatu w Biurze Projektów Budownictwa Komunalnego w Gdańsku, ekonomistka w Przedsiębiorstwie Państwowym Pracownie Konserwacji Zabytków (wyrzucona z pracy za wyniesienie planów Zamku w Malborku). Od września 1980 r. w „Solidarności”.

Po raz pierwszy została zatrzymana (przez UBP) w 1956 r. za niewłaściwe zachowanie podczas akademii na cześć Armii Czerwonej. W jej aktach znalazła się adnotacja ,,obca klasowo”.

Od 14 grudnia 1981 r. współorganizowała akcje protestacyjne, w tym strajk w PKZ. 16 grudnia 1981 r. pobita przez ZOMO podczas demonstracji w Gdańsku trafiła do szpitala. Założono jej 17 szwów na głowę. Od stycznia 1982 r. udostępniła swoje mieszkanie na podziemną drukarnię, gdzie drukowano podziemne pismo „Gryps” sygnowane przez Terytorialno-Związkowy Komitet Samoobrony Społecznej „Solidarność”. Zwolniona z pracy w połowie 1982 r. 13 sierpnia 1982 r. aresztowana i osadzona do 29 lipca 1983 r. w Areszcie Śledczym w Gdańsku.

Po wyjściu z aresztu pracowała m.in. jako sekretarka w Zespole Adwokackim nr 6 i nr 14. Jednocześnie do 1986 r. w redakcji podziemnego pisma TKZ Gdańskiej Stoczni Remontowej „Informator”; kolporterka podziemnych pism: „Nasz Czas”, „Rozwaga i Solidarność”. 9 października 1985 r. ponownie aresztowana. 8 września 1986 r. zwolniona z aresztu na mocy amnestii. W latach 1986–1988 kierownik Komisji Interwencji i Praworządności NSZZ „S”. W sierpniu 1988 r. w parafii św. Brygidy skarbniczka MKS, organizatorka pomocy dla strajkujących. Od 13 do 27 grudnia 1988 r. w jej mieszkaniu głodówkę przeciw obowiązkowej służbie wojskowej prowadziła grupa działaczy WiP. Od 1989 do 1991 była kierownikiem Działu interwencji i porad prawnych ZRG NSZZ „S”, 1991–1993 dyrektorem Biura Poselsko-Senatorskiego NSZZ „S” w Gdańsku, a w latach 1993–1997 asystent w Biurze Poselskim Bogdana Borusewicza.

Od 1989 współzałożycielka i członek Zarządu Gdańskiego Oddziału Rodziny Katyńskiej, od 1991 przewodnicząca oddziału gdańskiego Stowarzyszenia Penitencjarnego Patronat, od 2002 członek zarządu stowarzyszenia.

Patriotyczną postawę wyniosła z domu rodzinnego. Jej ojciec inż. Władysław Jan Wehrstein, przemysłowiec fabrykant w Stryju i kpt. rezerwy został zamordowany przez NKWD w Bykowni (jest na tzw. Ukraińskiej Liście Katyńskiej.

– Poznałem Janinę po moim wyjściu z więzienia. Od razu, mimo swej kobiecości, było widać, że jest odważna, ale wyjątkowo skromna. Pomagała politycznym i pochylała się nad niedolą skazanych z innych paragrafów. Założyła tu oddział Komisji Interwencyjnej Solidarności. Chodziła na rozprawy, zbierała informacje o aresztowanych – wspomina Czesław Nowak, prezes Stowarzyszenia Godność.
W latach 1982–1983 była rozpracowywana przez Wydz. II/Inspektorat 2 WUSW w Gdańsku w ramach Sprawy Operacyjnego Rozpracowania krypt. „Cela” (dot. kolportażu nielegalnego biuletynu pt. „Gryps”). Odznaczona Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski (2006).

Janina Wehrstein spoczęła na Cmentarzu Garnizonowym w Gdańsku.