Ksiądz został zamordowany 19 października 1984 r. (tak przynajmniej wynika z akt sądowych tzw. procesu toruńskiego) przez trzech oprawców z Grupy „D” Departamentu IV MSW. Bezpośredni sprawcy zbrodni (nie jej inspiratorzy) – inaczej niż w dziesiątkach przypadków, tym razem zostali wykryci i osądzeni. Ich proces był elementem brutalnej gry o wpływy miedzy służbami specjalnymi – WSW i SB.

Czy proces toruński odsłonił cały przebieg dramatu? Są osoby, które uważają, że nie. Bez odpowiedzi pozostają np. wątki udziału agentury, także tej wewnątrzkościelnej, nie tyle w zbrodni, co w przygotowywaniu gruntu oraz osaczaniu kapłana czy udział wojskowych służb.

W wyniku zbrodni i ujawnienia jej bezpośrednich sprawców wpływy w aparacie władzy utracił generał milicji tow. Mirosław Milewski, który „karierę” sowieciarza rozpoczynał w 1944 r. od współpracy z osławionym sowieckim kontrwywiadem „Smiersz” (Spiecjalnyje Mietody Rozobłaczenija Szpionow) i obławy augustowskiej z lata 1945 r. Nadzorujący WSW gen. Czesław Kiszczak, funkcjonariusz reżimu także z czterdziestoletnim stażem, triumfował – zyskując pełnię władzy nad resortem bezpieczeństwa.

Wieczorem 19 października 1984 r. funkcjonariusze Służby Bezpieczeństwa Grzegorz Piotrowski, Leszek Pękala, Waldemar Chmielewski (pracę magisterską w Akademii MSW napisał o prymasie Wyszyńskim), przebrani w mundury milicjantów z Wydziału Ruchu Drogowego MO zatrzymali golfa, którym powracał z Bydgoszczy, z parafii Świętych Polskich Braci Męczenników, do Warszawy ks. Jerzy Popiełuszko. Na miejscu uprowadzenia pozostał… orzełek z milicyjnej czapki.

Waldemarowi Chrostowskiemu, kierowcy księdza, oprawcy założyli na ręce kajdanki i posadzili w służbowym fiacie 125p. Dzięki wielkiemu szczęściu i jego wcześniejszemu przeszkoleniu, udało się Chrostowskiemu wyskoczyć z pędzącego auta. To on przekazał informację o uprowadzeniu. Radio Wolna Europa wnet poinformowało o porwaniu.

Zaczęły się poszukiwania księdza. Oficjalnie z datą 30 października 1984 r. zmasakrowane ciało kapłana wyłowiono z Wisły w okolicach tamy we Włocławku.

Działania „szwadronu śmierci” inspirował Adam Pietruszka, pułkownik Służby Bezpieczeństwa, zastępca dyrektora Departamentu IV MSW, który zajmował się walką z „antypaństwową” działalnością kościołów i związków wyznaniowych oraz prowadził agenturę wśród duchownych oraz ewidencjonował i dokumentował działalność księży. To on, według historyków IPN, był oficerem prowadzącym najbardziej wartościową agenturę SB wśród kleru.

To z tym departamentem wiąże się działalność zakonspirowanej Grupy D. Istnienie Grupy „D” (dezinformacja i dezintegracja) zostało objęte tajemnicą dla innych funkcjonariuszy SB. Jej działania były nielegalne w świetle prawa obowiązującego w PRL. To z działalnością tej grupy wiążą się akty terroru wobec opozycji i Kościoła. Zbrodnicza działalność Grupy „D” nie została do dzisiaj wyjaśniona. Członkom z Grupy „D” przypisuje się zabójstwa księży Sylwestra Zycha, Romana Kotlarza, Stefana Niedzielaka, Antoniego Kija (zmarł w Gdyni w sierpniu 1984 r.), Stanisława Suchowolca, Honoriusza Stanisława Kowalczyka i Stanisława Palimąki (dokumenty w MSW zniszczono). Niedoszłymi ofiarami byli księża Stanisław Małkowski (numer jeden na liście płk. Pietruszki) i ks. Tadeusz Isakowicz-Zaleski.

Zbrodnia na księdzu Jerzym, choć jej bezpośredni sprawcy zostali skazani, została otoczona akcją dezinformacyjną. Nie ustalono co robiło 19 października 1984 r. w Bydgoszczy czterech oficerów Wojskowej Służby Wewnętrznej (WSW), w tym samym czasie, gdy grupa Piotrowskiego (SB) czekała, aż ks. Popiełuszko opuści kościół? Dlaczego dokonano przeglądu i odkażenia bunkrów w bunkrów w miejscowości Kazuń Polski? I to na rozkaz szefa MSW? Czy Kiszczak uznał, że paradoksalnie zbrodnia może uwiarygodnić ekipę Jaruzelskiego? 2 listopada 1984 roku Pietruszka miał usłyszeć od Kiszczaka: „Generale Pietruszka, trzeba dać się zamknąć”. W trakcie obrad Biura Politycznego KC PZPR 27 listopada 1984 r. z ust Mieczysława Rakowskiego padła uwaga, że trzeba będzie „zasiąść do stołu z działaczami opozycji politycznej”, co zapowiadało zmianę strategii konfrontacyjnej. Dlaczego od sprawy został dwukrotnie odsunięty i już do niej nie przywrócony prokurator Andrzej Witkowski?

W śledztwie doszło też do tragicznego zdarzenia. Nad ranem 30 listopada 1984 r. na szosie koło Białobrzegów zginęli w wypadku samochodowym dwaj funkcjonariusze Biura Śledczego MSW prowadzący sprawę morderstwa ks. Jerzego – Stanisław Trafalski i Wiesław Piątek, którzy zajmowali się m.in. akcją dezinformacyjną. Przypadek?

Kim był nasz patron? Pochodzący z Podlasia ze wsi Okopy ksiądz Popiełuszko od sierpnia 1980 r. wspierał „Solidarność”. Tam, skąd pochodził ksiądz Jerzy nikomu nie trzeba było tłumaczyć, co to jest komuna. AK i poakowska partyzantka była tam bardzo silna.

Jerzy Popiełuszko trafił do warszawskiego seminarium, gdy arcybiskupem warszawskim był kardynał Wyszyński. Prymas Wyszyński udzielał księdzu Popiełuszce święceń kapłańskich. W życiu księdza Popiełuszki nauczanie prymasa miało bardzo duże znaczenie. W swoich wypowiedziach podkreślał, że nie mówi w kazaniach niczego innego niż prymas i papież Jan Paweł II.

W maju 1980 roku ksiądz Jerzy trafił do kościoła św. Stanisława Kostki na warszawskim Żoliborzu. Z tego czasu jawił się jako „prosty, nieśmiały, jakby zalękniony” młody ksiądz. W czasie strajku 31 sierpnia 1980 roku, nieco z przypadku, bo inni księża albo byli zajęci, lub się wymówili, odprawił mszę św. dla robotników w Hucie Warszawa.

Szedłem z ogromną tremą. Już sama sytuacja była zupełnie nowa. Co zastanę? Jak mnie przyjmą? Czy będzie gdzie odprawiać? Kto będzie czytał teksty? Śpiewał? Takie, dziś może naiwnie brzmiące pytania, nurtowały mnie w drodze do fabryki. I wtedy przy bramie przeżyłem pierwsze wielkie zdumienie. Gęsty szpaler ludzi – uśmiechniętych i spłakanych jednocześnie. I oklaski. Myślałem, że ktoś ważny idzie za mną. Ale to były oklaski na powitanie pierwszego w historii tego zakładu księdza przekraczającego jego bramy. Tak sobie wtedy pomyślałem – oklaski dla Kościoła, który przez trzydzieści lat wytrwale pukał do fabrycznych bram

– tak ks. Jerzy wspominał pobyt na terenie huty 31 sierpnia 1980 roku.

17 stycznia 1982 r. ksiądz Popiełuszko odprawił pierwszą mszę świętą za Ojczyznę i tych, którzy dla niej cierpią. W ocenie władz powstał tzw. ośrodek żoliborski, którego animatorem i duchowym przywódcą był ksiądz Jerzy. Do kościoła św. Stanisława Kostki przyjeżdżali ludzie z całej Polski. Urząd do spraw Wyznań grzmiał, że w ośrodku żoliborskim powstała kontrrewolucyjna organizacja duchownych i świeckich.

Swoją pracę duszpasterską ks. Jerzy opierał na przesłaniu: „Nie daj się zwyciężyć złu, ale zło dobrem zwyciężaj”.

– Ponieważ przez wprowadzenie stanu wojennego odebrano nam wolność słowa, dlatego wsłuchując się w głos własnego serca i sumienia, pomyślmy o tych siostrach i braciach, których pozbawiono wolności – mówił 17 stycznia 1982 r. ksiądz Jerzy.

W 1982 r. SB rozpoczęły akcję rozpracowywania księdza o kryptonimie SOR „Popiel”. 12 września 1984 r. moskiewskie „Izwiestia”, piórem niejakiego red. Toporkowa, donosiły:

– Wojowniczy i wojujący ksiądz Popiełuszko przekształcił swoje mieszkanie w składnicę literatury nielegalnej i ściśle współpracuje z zaciekłymi kontrrewolucjonistami. Czy możliwe jest, aby Popiełuszko i podobni mu duchowni mogli zajmować się rozrabiacką działalnością polityczną wbrew woli wyższej hierarchii kościelnej – zastanawiał się „politruk”.

Prymas kardynał Józef Glemp, patrząc z dystansem na poczynania kapłana, sugerował mu wyjazd na studia do Rzymu. W ten sposób jego życiu nic by nie zagrażało, a jednocześnie kościelni hierarchowie nie musieliby wysłuchiwać pretensji władz. Wyjazdu jednak mu nie nakazał. Prymas do końca życia miał wyrzuty sumienia, że nie uratował życia księdzu Popiełuszce.

Płk Adam Pietruszka, zastępca szefa IV Departamentu MSW, polecił podkomendnym: „dosyć tej zabawy z Popiełuszką i Małkowskim. Trzeba nimi wstrząsnąć, żeby to było na granicy zawału serca, żeby to było ostrzeżenie”. Było przy tym poczucie bezkarności. W bloku komunistycznym po 1956 roku nie został ujawniony i ukarany żaden przykład zbrodni wysokich funkcjonariuszy reżimu. Bezpieka, miecz i tarcza partii, miała immunitet.

Pod koniec września ksiądz Jerzy mówi, żegnając się z ojcem:

– Jakbym zginął, to tylko nie płaczcie po mnie.

W protokole oględzin ciała kapłana zapisano:

„Zwłoki ubrane w czarne spodnie zabrudzone ziemią na całej powierzchni, sutanna koloru czarnego podwinięta do pasa. Do obu nóg przywiązany jest worek jutowy, w którym znajdują się kamienie”.

6 czerwca 2010 r. w Warszawie na placu Piłsudskiego ogłoszono ks. Jerzego Popiełuszkę błogosławionym Kościoła katolickiego, a cztery lata później papież Franciszek ogłosił go jako patrona „Solidarności”.