W tragicznym wrześniu 1939 r. mógł uratować siebie, załogę i statek „Zawisza Czarny”, ale nie chciał opuszczać ojczyzny. Ukrył się na fałszywych dokumentach we Lwowie, ale wydał go inny polski oficer. Sowieci oskarżyli Zaruskiego, że „posługiwał się fałszywymi dokumentami, pragnąc ukryć swą poprzednią działalność”. Ostatecznie, jako „element społecznie niebezpieczny” został skazany na pięć lat zsyłki do Kraju Krasnojarskiego. Ze względu na wiek i chorobę serca ostatnim ziemskim przystankiem generała okazał się szpital więzienny w Chersoniu.

W Chersoniu Sowieci zamordowali wielu innych Polaków. Ilu dokładnie – do dziś nie ustalono. Wiadomo, że 22 marca 1940 r. Beria rozkazem numer 00350 polecił „rozładować” więzienia NKWD na zachodniej Ukrainie i Białorusi. Oznaczało to przewiezienie 3 tys. więźniów przetrzymywanych w sześciu więzieniach na tzw. Zachodniej Ukrainie (lwowskiego, rówieńskiego, wołyńskiego, tarnopolskiego, drohobyckiego i stanisławowskiego) do więzień w Kijowie, Charkowie i Chersoniu, a kolejnych 3 tys. osób z czterech więzień na tzw. Zachodniej Białorusi (w Brześciu, Wilejce, Pińsku i Baranowiczach) do więzienia w Mińsku.
Wśród wymordowanych na Ukrainie dominowali funkcjonariusze Policji Państwowej, Służby Więziennej i oficerowie Wojska Polskiego, sędziowie i prokuratorzy. Historyk Sławomir Kalbarczyk wymienia: sędzia Sądu Okręgowego we Lwowie Ludwik Dworzak (jednocześnie profesor prawa lwowskiego Uniwersytetu), wiceprokurator przy Sądzie Okręgowym w Równem Stanisław Milczanowski, naczelnik więzienia w Ostrogu nad Horyniem Stanisław Majcherczak, ziemianin Ryszard Jaxa-Małachowski oraz wiceprezydenci Lwowa – dr. Jana Weryński i Ludwik Chajes. Przeważają osoby narodowości polskiej, ale są też Ukraińcy i Żydzi. Znajdujemy również kobiety: „polskiego szpiega” Marię Burzańską, „agentkę polskiego wywiadu” Walentynę Czepielenko, działaczkę ukraińską, senatora RP I kadencji z listy Bloku Mniejszości Narodowych Helenę Lewczanowską, młodszą asystentkę w Zakładzie Pedagogicznym Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie Aleksandrę Valentę.
W Chersoniu do dziś nie przeprowadzono prac ekshumacyjnych – na miejscu potajemnego grzebania ofiar NKWD powstało osiedle mieszkaniowe. A w tamtejszym gimnazjum nauczycielem był Edmund Rufin Dzierżyński, wywodzący się ze starego szlacheckiego polsko-litewskiego rodu herbu Samson ojciec krwawego Feliksa. Ten ostatni zdrajca też mordował polską elitę.