10 września 1947 r., podczas procesu działaczy Zrzeszenia WiN oraz Polskiego Stronnictwa Ludowego, został skazany na karę śmierci. W śledztwie przesłuchiwał go funkcjonariusz UB Jerzy Kędziora. Płk Niepokólczycki przeżył, bo komuniści zmienili mu karę śmierci na dożywotnie więzienie – na wolność wyszedł w grudniu 1956 r. Zmarł w 1974 r. Jerzy Kędziora żyje do dziś w Warszawie. Kędziora katował też innych WiN-owców z tej samej sprawy, np. Edwarda Bzymka-Strzałkowkiego, oficera wywiadu i kontrwywiadu Okręgu Kraków AK, po 1945 r. szefa Brygad Wywiadowczych DSZ–WiN (opracowywał i przekazywał Rządowi RP na Uchodźstwie miesięczne sprawozdania o sytuacji w kraju). Bzymek także odzyskał wolność na fali „odwilży”. Kolejną ofiarę Kędziory, Władysława Jedlińskiego, oficera wywiadu AK, a po wojnie kierownika sieci informacyjnej IV Zarządu Głównego WiN-u, Wojskowy Sąd Garnizonowy w Warszawie 15 lipca 1955 r. skazał na dożywocie. Z więzienia mokotowskiego został warunkowo zwolniony w grudniu 1957 r.

Jerzy Kędziora – po szczeblach „kariery”

Zanim trafił do UB, Kędziora był w komunistycznej partyzantce – w Gwardii Ludowej (ps. „Stefan”), a od stycznia 1945 r. w Armii Ludowej (ps. „Francuz”). Po wrześniu 1939 r. przyjął obywatelstwo sowieckie. Współpracownikiem Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego został w lutym 1945 r., a pracownikiem w maju tego roku. Do grudnia 1947 r. „brał udział w walce z bandami i reakcyjnym podziemiem”. Oprócz tego ukończył dwuletnią Szkołę Komitetu ds. Bezpieczeństwa Publicznego. W MBP doszedł do funkcji kierownika sekcji śledczej. Kędziora był głównym śledczym w sprawie mjr. Hieronima Dekutowskiego „Zapory”, dowódcy legendarnego oddziału partyzanckiego z Lubelszczyzny. Prowadził ją razem z Eugeniuszem Chimczakiem. Tak znęcali się nad Dekutowskim, że w wieku 30 lat wyglądał jak starzec, miał połamane kości i wybite zęby. „Zaporę” zamordowano 7 marca 1949 r. Jerzy Kędziora należał również do Grupy Specjalnej MBP – tajnej komórki powołanej latem 1948 r., przekształconej następnie w X Departament, który zajmował się sprawami szczególnymi – „oczyszczaniem” szeregów Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej z agentów i prowokatorów. Grupa działała w tajnym więzieniu (kryptonim „Spacer”) w Miedzeszynie pod Warszawą. Wacław Sikorski, AK-owiec, tak zapamiętał Kędziorę: „Do pokoju wszedł człowiek w mundurze, w oficerkach. Miał w ręku jakiś drąg. Podszedł do mnie bliżej i spytał: «Podpiszesz?». Ja na to, że nie. Wtedy zaczął mnie kopać w lewy pośladek. «Podpiszesz?». Nie. Otwartą ręką huknął mnie w lewe ucho. Innym razem tak rąbnął mnie w tył głowy, że upadłem nosem na ścianę”. Sikorski zmarł w 2018 r., ale do końca życia świadczył o zbrodniach Kędziory.